Perbezaan utama antara auxin dan sitokinin adalah bahawa auksin merangsang percabangan akar sementara sitokinin menghalang percabangan akar dan pembentukan akar lateral. Untuk menambah ini, auxin bertanggungjawab terutamanya untuk pemanjangan sel di hujung batang dan akar sedangkan, sitokinin bertanggungjawab terutamanya untuk pembelahan sel dan oleh itu, ia terdapat di kawasan tumbuh.
Phytohormones juga dikenali sebagai hormon tumbuhan adalah bahan kimia penting untuk pertumbuhan dan perkembangan tanaman. Mereka adalah molekul organik, dan mereka berfungsi sebagai molekul isyarat yang mengatur perkembangan tanaman. Terdapat lima jenis hormon tumbuhan utama: auxin, gibberellin, sitokinin, etilena, dan asid absisik. Oleh itu, mereka melakukan fungsi yang berbeza secara bersendirian dan bersama-sama untuk mempengaruhi pertumbuhan tanaman.