Perbezaan utama antara fermentasi keadaan pepejal dan fermentasi terendam adalah bahawa fermentasi keadaan pepejal melibatkan penanaman mikroorganisma pada substrat padat dengan kandungan kelembapan rendah sementara fermentasi terendam melibatkan penanaman mikroorganisma dalam medium cair yang mempunyai kandungan air lebih dari 95%.
Mikroorganisma bermanfaat dalam pelbagai jenis industri. Bakteria dan kulat terutama mempunyai pelbagai aplikasi dalam industri. Mikroorganisma harus ditanam secara besar-besaran semasa proses penapaian industri untuk mengekstrak produk yang diperlukan hasil dari metabolisme mikroba. Fermentasi keadaan pepejal dan fermentasi terendam adalah dua jenis fermentasi utama yang membantu menghasilkan enzim secara industri. Dalam fermentasi keadaan pepejal, fermentasi berlaku oleh mikroorganisma yang tumbuh pada substrat pepejal sementara dalam fermentasi terendam, fermentasi berlaku oleh mikroorganisma yang tumbuh dalam medium cair. Setiap kaedah mempunyai kelebihan dan kekurangan.
