Perbezaan utama antara pernafasan dan pernafasan adalah bahawa pernafasan adalah proses fisiologi yang mengambil udara masuk dan keluar dari sistem pernafasan sementara pernafasan adalah proses biokimia yang menggunakan oksigen dan menghasilkan tenaga (ATP) melalui pemecahan glukosa.
Selalunya orang salah memahami pernafasan dan pernafasan sebagai proses yang sama. Walau bagaimanapun, mereka adalah dua proses fisiologi yang berbeza, tetapi saling berkaitan. Pernafasan berlaku terlebih dahulu, dan pernafasan berlaku selepas itu. Tempat di mana kedua-dua proses ini berlaku juga berbeza dengan jalan pernafasan dan pernafasan adalah khas. Yang paling penting, pernafasan menyediakan oksigen yang diperlukan untuk memecah glukosa untuk menghasilkan tenaga melalui pernafasan. Lebih-lebih lagi, bernafas adalah proses fizikal yang sangat penting. Oleh itu, sangat penting untuk membincangkan perbezaan secara terperinci mengenai pernafasan dan pernafasan pada haiwan.