Perbezaan utama antara zooplankton dan fitoplankton adalah bahawa zooplankton adalah plankton non-fotosintesis heterotrofik yang berupa protozoa atau haiwan sementara fitoplankton adalah plankton fotosintetik autotrofik yang merupakan diatom, sianobakteria atau alga.
Planktons adalah organisma kecil yang hidup dan terapung di lautan, laut atau badan air tawar. Sebilangan besar dari mereka adalah mikroskopik, dan mereka adalah sumber makanan penting untuk haiwan yang lebih besar. Terdapat dua jenis plankton utama iaitu zooplankton dan fitoplankton. Zooplanktons bersifat heterotrofik, dan ia merangkumi haiwan yang tidak mampu melakukan fotosintesis. Sebaliknya, fitoplankton adalah fotosintesis plankton, yang bersifat autotrofik. Selain itu, fitoplanktons menyimpan tenaga melalui fotosintesis dan zooplankton dan nekton (haiwan bertubuh besar yang aktif bergerak di lajur air) memakannya. Manusia dan pemangsa lain memakan nekton dan beberapa zooplankton yang lebih besar dalam skala besar. Juga, aktiviti manusia seperti pencemaran alam sekitar banyak mempengaruhi aliran tenaga ini yang bermula dari fitoplankton.
