Perbezaan utama antara heliks alpha dan beta bergantung pada jenis ikatan Hidrogen yang mereka bentuk dalam mengembangkan struktur ini. Heliks alfa membentuk ikatan hidrogen intra-molekul manakala heliks beta membentuk ikatan hidrogen antara molekul.
Protein kompleks mempunyai empat tahap struktur organisasi - primer, sekunder, tersier dan kuarter. Struktur sekunder protein membentuk rantai peptida dalam orientasi yang berbeza. Rantai peptida terdiri daripada urutan asid amino yang diikat oleh ikatan peptida. Oleh itu, terdapat dua struktur sekunder utama dalam protein seperti heliks alfa dan heliks beta. Selain itu, terdapat struktur sekunder lain yang disebut struktur giliran beta dan jepit rambut. Terutamanya, artikel ini memberi tumpuan kepada perbezaan antara helix alpha dan beta.
