Perbezaan utama antara ester dan eter adalah bahawa kumpulan fungsian suatu ester adalah –COO, sedangkan kumpulan fungsinya suatu eter adalah –O-.
Ester dan eter adalah molekul organik dengan atom oksigen. Esters mempunyai kumpulan –COO. Di sini, satu atom oksigen terikat dengan karbon dengan ikatan berganda, dan oksigen yang lain disatukan dengan ikatan tunggal. Oleh kerana hanya tiga atom yang bersambung dengan atom karbon, ia mempunyai geometri satah segitiga di sekelilingnya. Selanjutnya, atom karbon dihabridkan sp 2. Lebih-lebih lagi, ester adalah turunan asid karboksilik. Sebaliknya, satu eter mempunyai atom oksigen dengan dua ikatan tunggal dengan dua kumpulan alkil atau aril. Atom oksigen mempunyai dua pasangan elektron tunggal.
