Perbezaan utama antara elektroforesis gel 1D dan 2D adalah sifat yang digunakan untuk pemisahan protein pada elektroforesis gel. Elektroforesis gel 1D hanya memisahkan protein berdasarkan berat molekul manakala elektroforesis gel 2D memisahkan protein berdasarkan titik iso-elektrik dan berat molekulnya.
Pemisahan protein dengan elektroforesis gel adalah teknik penting untuk mencirikan protein. Protein mempunyai sifat yang berbeza-beza; oleh itu, pemisahan lebih kompleks berbanding dengan pemisahan DNA oleh elektroforesis gel Agarose.
