Perbezaan utama antara penapisan gel dan kromatografi permeasi gel adalah bahawa fasa bergerak kromatografi penapisan gel adalah larutan berair sedangkan fasa bergerak kromatografi permeasi gel adalah pelarut organik.
Filtrasi gel dan kromatografi permeasi gel berada dalam kategori kromatografi pengecualian ukuran di mana kita dapat memisahkan molekul dalam larutan bergantung pada ukurannya. Kadang-kadang, kita boleh memisahkan molekul mengikut berat molekulnya. Biasanya, kami menggunakan teknik ini untuk memisahkan molekul kompleks seperti protein dan dalam skala industri, untuk memisahkan bahan polimer. Perbezaan utama antara penapisan gel dan kromatografi permeasi gel adalah pada fasa bergerak yang kami gunakan dalam setiap teknik.