Perbezaan utama antara teori orbital molekul dan teori ikatan valensi adalah bahawa teori orbital molekul menggambarkan pembentukan orbit molekul, sedangkan teori ikatan valensi menggambarkan orbit atom.
Molekul yang berbeza mempunyai sifat kimia dan fizikal yang berbeza daripada atom individu yang bergabung untuk membentuk molekul ini. Untuk memahami perbezaan antara sifat atom dan molekul, perlu memahami pembentukan ikatan kimia antara beberapa atom untuk membuat molekul. Pada masa ini, kami menggunakan dua teori mekanik kuantum untuk menerangkan ikatan kovalen dan struktur molekul elektronik. Ini adalah teori ikatan valensi dan teori orbital molekul.