Perbezaan utama antara mikronukleus dan makronukleus adalah bahawa mikronukleus adalah nukleus yang lebih kecil yang mengandungi genom kuman dari protozoa ciliate sementara makronukleus adalah nukleus terbesar, yang mengandungi genom somatik protozoa ciliate.
Dimorfisme nuklear adalah fenomena mempunyai dua jenis nukleus dalam sel yang sama. Ini adalah ciri khas yang terdapat pada cotoates protozoa dan beberapa foraminifera. Kedua-dua inti ini adalah makronukleus dan mikronukleus. Mereka mengandungi genom yang berasingan. Makronukleus adalah yang lebih besar yang mengawal metabolisme protozoa ciliate sementara mikronukleus adalah yang lebih kecil yang menjalankan fungsi pembiakan dan menghasilkan makronukleus.
