Perbezaan utama antara kesamaan dan identiti dalam penjajaran urutan adalah bahawa kesamaan adalah persamaan (kemiripan) antara dua urutan sebagai perbandingan sementara identiti adalah bilangan watak yang sama persis antara dua urutan yang berbeza.
Bioinformatika adalah bidang sains interdisipliner yang terutama melibatkan biologi molekul dan genetik, sains komputer, matematik, dan statistik. Penjajaran urutan adalah istilah utama dalam bioinformatik. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein disusun untuk mengenal pasti kawasan kemiripan yang merupakan akibat dari hubungan fungsional, struktur atau evolusi antara urutan. Pada akhir penjajaran, mereka akan ditampilkan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan watak-watak yang sama dalam kolom berturut-turut, terdapat jurang yang tersisip antara residu.
