Perbezaan utama antara variasi antigenik dan fasa adalah bahawa variasi antigenik adalah mekanisme yang merujuk kepada ekspresi protein, karbohidrat atau lipid antigen yang berbeza pada permukaannya sementara variasi fasa adalah frekuensi tinggi yang dapat dihidupkan dan dimatikan pengalihan ekspresi fenotip.
Variasi antigenik dan fasa adalah dua jenis mekanisme molekul yang digunakan oleh patogen untuk mengelakkan tindak balas imun tuan rumah. Mereka saling berkaitan antara satu sama lain. Mekanisme ini membolehkan mikrob, terutama bakteria, dapat menyesuaikan diri dengan lebih dari satu persekitaran. Hasil daripada variasi fasa dan antigenik, fenotip heterogenik dari populasi bakteria klon terbentuk. Dalam populasi ini, sel-sel individu mengekspresikan protein pemboleh ubah fasa atau salah satu daripada beberapa bentuk protein antigenik. Variasi ini adalah strategi virulensi yang dilaksanakan oleh patogen.
