Perbezaan utama antara fucoidan dan fucoxanthin adalah bahawa fucoidan adalah polisakarida sulfat yang mengandung fucosa yang terdapat dalam pelbagai spesies alga coklat dan rumput laut coklat sementara fucoxanthin adalah xanthophyll yang hadir sebagai pigmen tambahan dalam kloroplas alga coklat dan heterokont lain.
Ekosistem laut terdiri daripada flora dan fauna. Mereka mempunyai kepelbagaian spesies yang tinggi. Selain itu, spesies ini mengandungi sebatian yang berbeza yang bermanfaat bagi manusia. Biomolekul yang diekstrak dari spesies ini dalam ekosistem laut mengandungi potensi terapi yang berbeza. Fucoidan dan fucoxanthin adalah dua sebatian yang terdapat dalam ekosistem laut, terutamanya dalam alga coklat. Walaupun mereka berbeza secara kimia, kedua-dua sebatian ini digunakan untuk tujuan penyelidikan yang berbeza untuk mengenal pasti potensinya sebagai terapi.
