Perbezaan utama antara synteny dan collinearity adalah bahawa synteny adalah penyetempatan fizikal lokus genetik pada kromosom yang sama pada spesies, sementara collinearity adalah penyetempatan fizikal lokus genetik pada kromosom yang sama pada spesies yang berlainan yang mengekalkan urutan yang sama.
Synteny dan collinearity adalah dua istilah yang digunakan secara bergantian dalam genomik. Kedua-dua istilah menggambarkan corak penyetempatan gen pada kromosom dalam spesies yang berbeza. Penyusunan gen yang berkaitan di antara taksa adalah maklumat berharga ketika menyimpulkan keturunan gen bersama. Synteny merujuk kepada penyetempatan fizikal lokus genetik pada kromosom yang sama pada spesies. Collinearity merujuk kepada penyetempatan fizikal lokus genetik pada kromosom yang sama pada spesies yang berlainan yang mengekalkan urutan yang sama. Oleh itu, ia adalah bentuk sinteny.
