Perbezaan Utama - AFLP vs RFLP
Kajian DNA mempunyai kepentingan yang sangat besar dalam memahami dan menentukan hubungan filogenetik, mendiagnosis penyakit genetik dan memetakan genom organisma. Beberapa teknik yang berkaitan dengan analisis DNA juga digunakan untuk mengenal pasti gen tertentu atau urutan DNA dalam kumpulan DNA yang tidak diketahui. Mereka dikenali sebagai penanda molekul. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) dan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) adalah dua penanda molekul (kaedah) yang dikembangkan dalam biologi molekul untuk mengesan variasi genetik antara organisma. Kedua-dua kaedah sama pentingnya dan mempunyai kelebihan dan kekurangan. Perbezaan utama antara AFLP dan RFLP adalah bahawa AFLP melibatkan penguatan PCR selektif DNA yang dicerna sementara RFLP tidak melibatkan penguatan PCR selektif dari serpihan DNA.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu AFLP
3. Apa itu RFLP
4. Perbandingan Berdampingan - AFLP vs RFLP
5. Ringkasan
Apa itu AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) adalah alat penting dalam biologi molekul dan digunakan secara meluas dalam analisis variasi genetik. AFLP didasarkan pada penguatan PCR spesifik dari DNA genom terpecah dan pengesanan polimorfisme oleh autoradiograf melalui elektroforesis gel. AFLP banyak menyumbang untuk mengenal pasti perbezaan genetik pada strain atau spesies yang berkaitan dengan pelbagai kerajaan termasuk tumbuh-tumbuhan, haiwan, bakteria dan kulat. AFLP dapat dilakukan dengan sejumlah kecil sampel DNA yang tidak diketahui. Ia tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya dan merancang probe.
Langkah AFLP
- Pengasingan DNA
- Pencernaan DNA dengan endonuklease sekatan
- Ligasi serpihan DNA terhad dengan penyesuai
- Penguatan serpihan selektif dengan laman sekatan tertentu
- Pemisahan produk PCR dengan elektroforesis gel
- Visualisasi matriks gel oleh autoradiograph
AFLP adalah kaedah yang lebih sensitif dan dapat dihasilkan semula yang dapat digunakan dalam pembuatan profil DNA beberapa taksa termasuk kulat, bakteria, tumbuhan dan haiwan tanpa pengetahuan sebelumnya mengenai urutan DNA. Ini membantu dalam mengenal pasti sedikit perbezaan antara individu dalam populasi kerana sifatnya yang sangat sensitif. AFLP juga penting dalam pemetaan genom, kajian forensik, ujian ibu bapa, genotip, dll.
Gambar 01: AFLP
Apa itu RFLP?
Polimorfisme Panjang Fragmen Sekatan (RFLPs) adalah teknik yang digunakan untuk mengesan variasi genetik dalam urutan DNA homolog. Ini adalah kaedah pertama yang dikembangkan untuk profil DNA. Organisma mempunyai cap jari DNA atau profil DNA yang unik. RFLP berfungsi sebagai alat penting untuk menganalisis variasi antara profil DNA organisma intraspesifik atau berkait rapat kerana urutan homolog mempunyai tempat pembatasan (lokasi) yang berbeza yang unik untuk organisma tertentu. Apabila DNA homolog dicerna dengan endonuklease sekatan tertentu, ia akan menghasilkan profil DNA yang berbeza yang unik bagi setiap individu. Oleh itu,prinsip utama kaedah ini adalah pengesanan variasi genetik di antara organisma dengan menyekat DNA homolog dengan enzim pembatasan spesifik dan analisis polimorfisme panjang serpihan melalui elektroforesis gel dan pembuangan. Corak bercak unik bagi setiap organisma dan mencirikan genotip tertentu.
Langkah-langkah RFLP
- Pengasingan jumlah DNA yang mencukupi dari sampel
- Pecahan sampel DNA dengan endonuklease sekatan tertentu menjadi urutan pendek
- Pemisahan serpihan yang dihasilkan dengan panjang yang berbeza dengan elektroforesis gel agarosa.
- Pindahkan profil gel ke dalam membran dengan penutupan Southern
- Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang serpihan pada setiap profil
RFLP adalah teknik yang sangat penting dalam mengesan pewarisan penyakit dan mencari risiko berlakunya penyakit di kalangan ahli keluarga. RFLP juga sering digunakan dalam pemetaan genom, mengenal pasti penjenayah dalam forensik, ujian ayah, dll. RFLP juga mempunyai beberapa batasan. RFLP memerlukan pengetahuan sebelumnya mengenai data urutan untuk merancang probe untuk hibridisasi. Ia juga memerlukan pengasingan jumlah DNA yang mencukupi dari sampel untuk dianalisis, yang sukar dalam kajian forensik.
Gambar 01: Pemetaan RRFLP
Apakah perbezaan antara AFLP dan RFLP?
Artikel Diff Tengah sebelum Jadual
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP melibatkan penguatan PCR selektif DNA yang dicerna. | RFLP tidak melibatkan PCR melainkan PCR-RFLP. |
| Pengetahuan Urutan | |
| Pengetahuan urutan sebelumnya tidak diperlukan. | Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe RFLP. |
| Kebolehpercayaan | |
| Ini lebih dipercayai. | Ini kurang dipercayai berbanding AFLP. |
| Kecekapan dalam Mengesan Polimorfisme | |
| Ini mempunyai kecekapan yang lebih tinggi dalam mengesan polimorfisme daripada RFLP. | Ini kurang cekap berbanding AFLP. |
| Kos | |
| Ini agak mahal berbanding RFLP. | Ini lebih murah berbanding AFLP. |
| Permohonan | |
| AFLPs telah diterapkan untuk pemetaan genom, cap jari DNA, kajian kepelbagaian genetik, ujian ayah dan forensik | Analisis RFLP adalah alat penting dalam pemetaan genom, penyetempatan gen untuk gangguan genetik, penentuan risiko penyakit, dan pengujian ayah. |
Ringkasan - AFLP vs RFLP
AFLP dan RFLP adalah dua teknik yang digunakan sebagai penanda genetik untuk penilaian kepelbagaian dan penilaian hubungan genetik dalam biologi molekul. AFLP berfungsi sebagai kaedah yang cekap dan sensitif untuk mengesan polimorfisme genetik antara organisma daripada RFLP. Namun, walaupun kedua-dua kaedah ini mempunyai kecekapan yang berbeza dalam mengesan variasi genetik, mereka masih digunakan untuk cap jari DNA dan diagnosis penyakit.
