Perbezaan utama antara Peta Genetik dan Peta Fizikal adalah dalam teknik yang digunakan dalam pemetaan genom. Semasa menghasilkan peta genetik, penanda genetik dan lokasi genetik digunakan untuk mengkaji corak hubungan gen, sementara pemetaan fizikal menggunakan teknik biologi molekul seperti Polimorfisme Panjang Fragmen Pembatasan (RFLP) dan teknik Hibridisasi.
Peta Genetik dan peta Fizikal dua jenis peta yang dibina untuk menunjukkan gen yang terletak di kromosom. Mereka terlibat dalam diagnostik genetik dan untuk meramalkan evolusi mengenai analisis genom. Selanjutnya, mereka menggunakan untuk menganalisis jarak antara lokus gen dan untuk menganalisis polimorfisme gen.
