Perbezaan utama antara jarak genetik dan jarak fizikal adalah jenis urutan yang digunakan dalam menganalisis jarak antara dua populasi spesies yang sama. Jarak genetik mengukur perbezaan genetik antara spesies atau antara populasi dalam spesies sementara jarak fizikal mengukur bilangan nukleotida antara dua penanda.
Jarak genetik dan jarak fizikal memberikan gambaran mengenai hubungan evolusi antara dua populasi spesies. Oleh itu, peta jarak menyediakan penghubung populasi berdasarkan data genetik. Penjujukan genom dan analisis bioinformatik memainkan peranan penting dalam menentukan jarak genetik dan fizikal.
