Perbezaan utama antara peta genetik dan peta hubungan adalah jenis gen yang digunakan untuk proses pemetaan. Peta genetik terdiri daripada semua gen yang terdapat pada kromosom tertentu manakala peta hubungan terdiri daripada gen yang terdapat pada kromosom tertentu.
Peta genetik dan peta hubungan adalah dua jenis peta kromosom yang menggambarkan gen yang terdapat pada kromosom. Peta genetik menunjukkan semua gen sementara peta hubungan hanya menunjukkan gen yang berkaitan. Kedua-duanya sangat berguna dalam mendiagnosis penyakit dan gangguan genetik. Selain itu, penyimpangan kromosom juga dapat dikesan menggunakan peta genetik dan hubungan. Peta kaitan selanjutnya memberikan idea evolusi gen tertentu.
