Perbezaan utama antara bakteria gram positif dan gram negatif ialah bakteria gram positif mempunyai lapisan peptidoglikan tebal, oleh itu muncul dalam warna ungu sementara bakteria gram negatif mempunyai lapisan peptidoglikan tipis, oleh itu muncul dalam warna merah jambu pada akhir teknik pewarnaan gram.
Bakteria adalah prokariota di mana-mana yang uniselular dan mikroskopik. Mereka tergolong dalam Kingdom Monera bersama dengan Archaea. Lebih-lebih lagi, mereka mempunyai organisasi selular yang sangat sederhana. Secara struktural, mereka kekurangan ruang dalaman; inti dan membran organel lain yang terikat. Lebih-lebih lagi, bakteria dapat diklasifikasikan berdasarkan beberapa ciri seperti bentuk, susunan genetik, komposisi dinding sel, jumlah flagela, pemakanan, reaksi biokimia, dan lain-lain. Pewarnaan gram adalah salah satu teknik yang biasanya digunakan dalam mengenal pasti dan mencirikan bakteria. Menurut pewarnaan gram, terdapat dua kategori bakteria seperti bakteria gram positif dan gram negatif. Kedua-dua kumpulan bakteria ini berbeza antara satu sama lain oleh komposisi dinding sel. Oleh itu, mereka mengotorkan warna yang berbeza semasa teknik pewarnaan gram.
