Perbezaan utama antara pengionan positif dan negatif dalam spektrometri jisim adalah bahawa pengionan positif membentuk ion bermuatan positif, sedangkan pengionan negatif membentuk ion bermuatan negatif.
Spektrometri jisim atau MS adalah teknik dalam kimia analitik yang mengukur nisbah jisim-to-charge ion. Hasil akhir teknik ini muncul sebagai spektrum massa yang muncul sebagai plot intensiti. Selanjutnya, plot ini digambarkan sebagai fungsi dari nisbah jisim-ke-cas. Untuk spektrometri jisim, instrumen yang kami gunakan adalah spektrometer jisim. Apabila kami memperkenalkan sampel kami ke dalam instrumen ini, molekul sampel mengalami pengionan. Di sini, memilih teknik pengionan yang betul adalah sangat penting kerana memberi kesan yang besar pada hasil akhirnya. Sekiranya kita menggunakan gas reagen, misalnya amonia, ia akan menyebabkan ionisasi molekul sampel terbentuk sama ada hanya ion positif atau hanya ion negatif, bergantung pada pemasangan instrumen.
