Perbezaan utama antara molekul dan kisi adalah bahawa molekul mengandungi atom yang terikat satu sama lain sedangkan kisi mengandungi atom, molekul atau ion yang terikat satu sama lain.
Atom bergabung bersama untuk membentuk pelbagai bahan kimia. Mengikut susunan mereka, harta mereka berubah. Unit termudah yang dapat terbentuk apabila atom mengikat satu sama lain adalah molekul. Sekiranya sebilangan besar atom, ion atau molekul bergabung antara satu sama lain, maka hasilnya adalah kisi. Kisi mempunyai struktur yang sangat teratur dan jisim molar yang sangat tinggi.
