Perbezaan utama antara bioreaktor dan fermentor adalah jenis tindak balas biokimia yang berlaku di dalam kapal tertutup. Bioreaktor memudahkan semua jenis tindak balas biokimia tetapi, fermentor hanya memudahkan proses penapaian.
Penerapan Bioteknologi dalam industri adalah bidang Sains yang menarik. Aplikasi ini berbeza dari aplikasi mikroba hingga aplikasi berasaskan haiwan. Tambahan pula, aplikasi industri Bioteknologi berbeza di antara bidang utama seperti pertanian, perubatan dan pelbagai industri. Bioreaktor adalah kapal tertutup di mana keadaan yang diperlukan diciptakan untuk memudahkan pelbagai jenis tindak balas biokimia. Fermentor tergolong dalam kumpulan bioreaktor, tetapi terutama untuk melakukan penapaian sahaja.
