Perbezaan utama antara koenzim dan kofaktor adalah bahawa koenzim adalah molekul organik, sedangkan kofaktor boleh menjadi molekul organik atau bukan organik.
Enzim adalah makromolekul biologi penting. Mereka adalah pemangkin biologi, yang meningkatkan kadar tindak balas biologi dalam keadaan yang sangat ringan. Lebih-lebih lagi, enzim adalah protein; oleh itu, apabila mereka mengalami tahap kepanasan, kepekatan garam, daya mekanikal, pelarut organik dan larutan asid atau basa pekat yang tinggi, mereka cenderung mendenaturasi Kadang kala, enzim memerlukan sokongan molekul lain atau ion untuk mempunyai fungsi tertentu. Koenzim dan kofaktor adalah molekul sedemikian.