Perbezaan utama antara kerajaan dan domain adalah kerajaan adalah salah satu daripada lima kumpulan utama organisma hidup sementara domain tersebut adalah salah satu dari tiga kategori taksonomi organisma hidup di atas tingkat kerajaan.
Terdapat banyak percubaan klasifikasi organisma di bumi. Hingga tahun 1977, sistem kerajaan diterima secara universal di seluruh dunia. Bermula dari sistem dua kerajaan yang disebut sistem Linnaean pada tahun 1758 ketika bentuk kehidupan dibahagikan kepada tumbuh-tumbuhan dan haiwan, dunia telah mengenali sistem tiga domain sebagai sistem klasifikasi organisme yang paling terkini dan paling saintifik. Meskipun ada beberapa persamaan, sistem klasifikasi organisme kerajaan sekarang telah diturunkan memiliki kepentingan yang relatif kecil sejak sistem tiga domain dipopulerkan di seluruh pelosok dunia. Tujuan artikel ini adalah untuk mengetahui perbezaan antara sistem klasifikasi organisma dengan sistem domain.