Perbezaan utama antara endosymbiosis dan invagination adalah bahawa endosymbiosis adalah teori yang menjelaskan asal-usul mitokondria dan kloroplas di dalam sel eukariotik sementara invaginasi adalah proses yang menjelaskan asal-usul nukleus dan organel sel lain melalui pembentukan invaginasi dari plasma membran ke bahagian dalam sel.
Para saintis percaya bahawa sel eukariotik telah berkembang dari sel prokariotik. Mereka telah mengembangkan banyak teori untuk menjelaskan bagaimana evolusi ini telah berlaku. Endosymbiosis adalah salah satu teori yang menjelaskan asal-usul mitokondria dan kloroplas di dalam sel eukariotik dari bakteria prokariotik. Manakala, invaginasi adalah proses yang menjelaskan asal-usul inti dan organel membran lain di dalam sel eukariotik.
