Perbezaan utama antara knock in dan knockout bergantung pada kaedah yang digunakan untuk membuat organisma transgenik. Dalam gen knock in, penyisipan gen baru berlaku sementara di knockout gen, penyingkiran gen yang ada berlaku untuk mewujudkan organisme transgenik.
Organisme transgenik adalah organisma dengan konstitusi genetik yang diubah. 'Organisma rekombinan' adalah sinonim bagi mereka. Dalam kebanyakan keadaan, organisma transgenik mengandungi ciri-ciri bermanfaat. Semasa mencipta organisma transgenik, gen menjadi sasarannya. Mengikut keperluan, gen dapat diperkenalkan atau dibuang. Gen knock in merujuk kepada pengenalan gen baru sementara knockout gen merujuk kepada penghapusan gen.
