Perbezaan utama antara gen dan alel adalah bahawa gen adalah urutan nukleotida tertentu yang mengekodkan protein tertentu sementara alel adalah varian gen sama ada varian dominan atau resesif.
Gen adalah unit asas keturunan. Secara khusus, ia mempunyai urutan nukleotida tepat yang mengekod molekul protein tertentu, yang memberikan sifat tertentu. Gen berpindah dari ibu bapa kepada keturunan. Oleh itu, maklumat genetik yang memerlukan keseluruhan fungsi organisma disimpan dalam bentuk gen. Di samping itu, satu kromosom mempunyai banyak gen. Oleh itu, gen tertentu mempunyai lokasi tertentu dalam kromosom yang kita namakan sebagai lokus. Biasanya, gen mempunyai dua bentuk alternatif yang disebut alel. Dengan kata mudah, alel adalah varian gen sama ada varian dominan atau varian resesif. Mereka terletak pada tahap yang sama dengan kromatid saudari kromosom.
