Perbezaan utama antara auxotrophs dan prototrophs adalah bahawa auxotrophs adalah mikroorganisma mutan yang telah kehilangan keupayaan untuk menghasilkan sebatian organik tertentu yang diperlukan untuk pertumbuhannya sementara prototrof adalah mikroorganisma jenis liar yang mampu menghasilkan semua sebatian organik yang diperlukan.
Mikroorganisma menunjukkan cara pemakanan yang berbeza. Terutama, bakteria mempunyai kebolehan yang berbeza. Sebilangan bakteria mampu melakukan fotosintesis dan menghasilkan makanan mereka sendiri sementara sebilangan bakteria hidup dalam hubungan simbiotik dengan organisma tuan rumah mereka dan memperoleh nutrien. Selanjutnya, beberapa bakteria merosakkan bahan organik dan memperoleh nutrien. Auxotrophs dan prototrophs adalah dua kumpulan mikroorganisma yang berbeza berdasarkan kemampuan mereka menghasilkan sebatian organik untuk pertumbuhannya. Prototrof dapat mensintesis semua sebatian organik yang diperlukan untuk pertumbuhannya sementara autotrof tidak dapat menghasilkan sebatian organik tertentu yang penting untuk pertumbuhannya disebabkan oleh mutasi.
