Perbezaan utama antara UPGMA dan jambatan bergabung adalah jenis pokok filogenetik yang dihasilkan dari setiap kaedah. UPGMA adalah teknik membina pokok filogenetik yang berakar manakala pokok jiran yang berdekatan adalah teknik membina pokok filogenetik yang tidak berakar.
Pohon filogenetik adalah gambar rajah seperti pohon yang menunjukkan hubungan evolusi antara organisma. Pokok filogenetik boleh mempunyai topologi yang berbeza bergantung pada teknik yang digunakan untuk pembinaan pokok. Pokok UPGMA dan jiran tetangga adalah dua kaedah utama untuk membina pokok filogenetik.
