Perbezaan utama antara metabolit primer dan sekunder adalah bahawa metabolit primer adalah produk akhir metabolisme yang secara langsung mengambil bahagian dalam pertumbuhan normal, pengembangan dan pembiakan organisma sementara metabolit sekunder adalah metabolit yang tidak secara langsung berpartisipasi dalam pertumbuhan, perkembangan dan pembiakan normal organisma.
Metabolit mengambil bahagian dalam pertumbuhan organisma melalui proses metabolisme. Metabolisme adalah jumlah semua tindak balas biokimia yang berlaku dalam organisma. Terdapat dua kategori metabolit utama bergantung pada asal dan fungsi. Mereka adalah metabolit primer dan metabolit sekunder.
