Perbezaan utama antara Apicomplexia dan Ciliophora adalah bahawa Apicomplexia adalah subphylum dari protozoa dan merangkumi organisma dengan kompleks apikal, sementara Ciliophora adalah subphylum lain dari protozoa yang merangkumi organisma dengan silia.
Protozoa adalah salah satu daripada dua kumpulan utama yang tergolong dalam Kingdom Protista. Kumpulan yang lain adalah alga. Protozoa adalah haiwan uniselular seperti organisma eukariotik. Mereka tergolong dalam empat kelas: Sarcodina (amoebae), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellates), dan Apicomplexa. Apicomplexia mempunyai struktur yang dikenal sebagai kompleks apikal, sementara anggota Ciliophora memiliki ribuan silia di permukaan organisme.
