Perbezaan utama antara hubungan genetik dan ketidakseimbangan hubungan adalah bahawa hubungan genetik adalah kecenderungan dua atau lebih gen kromosom yang sama untuk tetap bersama dalam proses pewarisan sementara ketidakseimbangan hubungan adalah hubungan alel bukan rawak pada lokasi yang berlainan dalam populasi.
Perbezaan genetik dan ketidakseimbangan hubungan adalah dua konsep dalam genetik yang mengikuti warisan bukan Mendel. Perkaitan genetik merujuk kepada keadaan fizikal yang dihubungkan dalam kromosom. Dengan kata mudah, ia adalah proses di mana gen terletak dekat dalam kromosom sehingga mereka selalu diwarisi bersama ke dalam gamet. Sebaliknya, dalam genetik populasi, ketidakseimbangan hubungan merujuk kepada hubungan alel yang tidak rawak pada lokus yang berlainan dalam populasi. Ini adalah ukuran perbezaan antara frekuensi yang diperhatikan dari gabungan alel tertentu pada dua lokus dan frekuensi yang diharapkan untuk hubungan rawak.
