Perbezaan utama antara thiocyanate dan isothiocyanate adalah thiocyanate adalah kumpulan berfungsi di mana kumpulan alkil atau aril dilampirkan melalui atom sulfur sedangkan isotiosianat adalah isomer penghubung thiosianat di mana kumpulan alkil atau aril dilampirkan melalui atom nitrogen.
Thiocyanate dan isothiocyanate adalah kumpulan berfungsi yang mengandungi atom karbon, nitrogen, dan sulfur. Kumpulan fungsi ini mempunyai sambungan atom yang sama. Artinya, atom karbon berada di tengah, sementara atom nitrogen dan sulfur melekat pada sisinya. Walau bagaimanapun, ikatan kimia antara atom ini berbeza antara satu sama lain.
