Perbezaan utama antara plastoquinone dan plastocyanin adalah bahawa plastoquinone adalah molekul pembawa lipofilik yang memindahkan elektron ke plastocyanin melalui kompleks protein sitokrom b6f. Tetapi, plastocyanin adalah protein tembaga biru larut dalam air kecil yang menerima sepasang elektron dari kompleks sitokrom b 6 f dan menyebarkannya ke sistem fotos I di ruang thylakoid.
Fotosintesis mempunyai dua jenis reaksi sebagai reaksi bergantung cahaya dan reaksi bebas cahaya. Kedua-dua jenis sistem foto ini memainkan peranan penting dalam tindak balas yang bergantung kepada cahaya. Ia adalah sistem fotos I dan II. Fotosistem adalah kompleks protein dan pigmen yang besar atau molekul yang menyerap cahaya. Mereka menangkap tenaga dari cahaya matahari. P700 adalah pusat tindak balas fotosistem I sementara P680 adalah pusat tindak balas fotosistem II. Setiap sistem fotos menyerap cahaya dan menghasilkan ATP melalui fotofosforilasi. Mereka juga menghasilkan NADPH. Beberapa jenis akseptor elektron mengambil bahagian dalam tindak balas bergantung cahaya. Plastoquinone dan plastocyanin adalah dua jenis molekul yang terlibat dalam rantai pengangkutan elektron.
