Perbezaan utama antara gen calon dan GWAS adalah bahawa pendekatan gen calon menyelidiki variasi genetik dalam sebilangan kecil gen minat yang ditentukan sementara GWAS menyelidiki keseluruhan genom untuk variasi genetik umum di sebalik keadaan penyakit tertentu.
Pendekatan gen calon dan kajian persatuan seluruh genom (GWAS) adalah dua kaedah yang penting untuk mengesan kerentanan genetik terhadap penyakit. Pendekatan gen calon didasarkan pada sebilangan kecil gen yang telah ditentukan sementara GWAS berdasarkan pengujian keseluruhan genom. Oleh itu, pendekatan gen calon memerlukan pengetahuan sebelumnya mengenai gen yang berkaitan dengan penyakit ini, tidak seperti GWAS.