Perbezaan utama antara hnRNA dan mRNA adalah bahawa hnRNA adalah transkrip mRNA pramatang yang belum diproses yang mengandungi intron sementara mRNA adalah RNA yang diproses yang tidak mengandungi intron.
Terdapat pelbagai jenis RNA, dan hnRNA dan mRNA adalah dua jenis daripadanya. RNA nuklear heterogen, juga dikenal sebagai pra-mRNA, adalah sejenis transkrip primer yang dihasilkan di dalam nukleus. Setelah pra-mRNA dibuat, ia diproses secara transkripsi menjadi mRNA berfungsi, yang dapat diterjemahkan menjadi protein dalam sitoplasma. Oleh itu, hnRNA disintesis dari templat DNA, dan ia adalah RNA yang baru dibentuk sebelum diproses. mRNA adalah urutan RNA yang membawa maklumat genetik untuk menghasilkan protein. Ia adalah bentuk RNA setelah diproses. Lebih-lebih lagi, mRNA membawa kodon genetik dari DNA dalam nukleus ke ribosom untuk sintesis protein.
