Perbezaan utama antara dokumentasi molekul dan pemarkahan adalah bahawa dok adalah teknik yang digunakan untuk menentukan perkaitan antara dua molekul sedangkan pemarkahan adalah proses menilai pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antar molekul yang baik.
Istilah dokumentasi molekul dan pemarkahan digunakan dalam bidang pemodelan molekul. Pemodelan molekul adalah teknik yang digunakan untuk menentukan kemungkinan susunan molekul yang berlainan dalam bahan tertentu. Teknik ini penting dalam mewujudkan sebatian stabil baru.
