Perbezaan utama antara pemfokusan kromatofokus dan isoelektrik adalah bahawa kromatofokus adalah sejenis kaedah kromatografi lajur yang menggunakan resin pertukaran ion sementara pemfokusan isoelektrik adalah sejenis teknik elektroforesis yang menggunakan gel kecerunan pH yang tidak bergerak.
Fokus Chromatofocusing dan isoelektrik adalah dua teknik yang memisahkan protein mengikut titik isoelektriknya. Pemfokusan kromatofokus dan isoelektrik mempunyai daya penyelesaian yang hebat. Chromatofocusing adalah kaedah kromatografi lajur beresolusi tinggi sementara fokus isoelektrik adalah kaedah pemisahan elektroforetik. Lebih-lebih lagi, kromatofokus tidak menggunakan medan elektrik sementara fokus isoelektrik memerlukan medan elektrik.
