Perbezaan Utama - Primer PCR vs Primer Berurutan
Dengan perkembangan terkini dalam bidang biologi molekul, teknik genetik yang berbeza dikembangkan yang menjadikan proses penyiasatan dari jalan yang berbeza dari subjek mudah dan tepat. PCR dan prosedur penjujukan lain adalah dua teknik yang penting. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeza. Primer dianggap sebagai sub-komponen utama yang biasa digunakan untuk teknik PCR dan Urutan. Primer PCR digunakan untuk penguatan urutan DNA tertentu sementara primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan fragmen DNA dengan tujuan untuk mengungkapkan urutan spesifiknya dari urutan nukleotida. Ini adalah perbezaan utama antara primer PCR dan primer penjujukan.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu Primer PCR
3. Apa itu Primer Sequencing
4. Persamaan Antara Primer PCR dan Primer Sequencing
5. Perbandingan Berdampingan - Primer PCR vs Primer Urutan dalam Borang Jadual
6. Ringkasan
Apa itu Primer PCR?
Polimerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekul untuk memperkuat satu atau beberapa salinan segmen DNA tertentu dan mendapatkan berjuta-juta salinan yang sama. Dalam reaksi PCR, komponen yang berbeza digunakan termasuk primer. Primer adalah helai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 menjadikannya serasi dengan kawasan permulaan dan akhir serpihan DNA yang akan diperkuat. Primer boleh menjadi primer hadapan dan primer terbalik. Primer ini mengikat pada fragmen DNA pada titik-titik tertentu di mana ia menjadikan polimerase DNA untuk mengikat pada primer tertentu di lokasi dan memulakan sintesis untaian DNA baru.
Pemilihan primer adalah aspek penting dalam proses PCR. Pemilihan panjang primer adalah penting. Panjang ideal ialah 18-25 nukleotida. Sekiranya panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan mengikat urutan DNA untuk diperkuat dengan tepat. Primer yang panjangnya terlalu pendek menyebabkan penyebaran primer tidak spesifik di lokasi yang berlainan dari urutan DNA.
Gambar 01: Primer PCR
Kandungan Guanine dan Cytosine (GC) dalam primer yang baik mestilah dalam lingkungan 40-60. Suhu penyejukan primer dan suhu lebur adalah faktor penting semasa PCR. Suhu lebur harus dikira dengan tepat, dan suhu penyejukan primer harus 5 0 C kurang dari suhu lebur. Suhu lebur hendaklah 60 ° C dan 75 ° C. Suhu yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menyebabkan aktiviti DNA polimerase kurang aktif.
Apakah Primer Urutan?
Penyusun urutan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mengungkapkan identiti spesifiknya. Untuk mendapatkan hasil penjujukan yang baik primer dan templat berkualiti tinggi adalah penting. Oleh itu, apabila primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita mahu urutan. Ia juga harus dengan orientasi yang betul di mana urutan biasanya dihasilkan dari hujung primer 3 'hingga 5'. Urutannya mestilah kekurangan hibridisasi diri yang tidak diingini seperti pembentukan gelung jepit rambut. Ia tidak boleh mengandungi pembentukan asas Guanine berturut-turut.
Suhu lebur (Tm) primer mestilah sesuai dengan keadaan penjujukan. Oleh itu, ia harus berada di antara 52 o C dan 74 o C. Penyediaan oligonukleotida untuk digunakan sebagai primer harus dimurnikan untuk mendapatkan urutan panjang yang dikehendaki. Sekiranya oligonukleotida mengandungi kekotoran, isyarat urutan primer akan ditumpangkan dari lokasi priming yang berbeza, dan juga akan menurunkan bilangan sel asas.
Gambar 02: Urutan Primer
Suhu lebur primer (Tm) suatu oligonukleotida menentukan, seberapa kuat helai DNA pelengkap dihibridisasi antara satu sama lain. Tm boleh dianggap sebagai pengiraan termodinamik di mana ia bergantung pada kedua urutan DNA dan beberapa keadaan seperti kepekatan garam. Tm penting semasa PCR di mana varian yang disebut penjujukan kitaran digunakan untuk menghasilkan sekumpulan pecahan dideoxynucleotide-terminated. Di sini, buku asas yang diuraikan pada mulanya akan disepuh secara bergantian, kemudian dilanjutkan dan terakhir didenaturasi untuk penguatan. Oleh itu, nilai Tm harus berada di antara 52 o C dan 74 oC. oligonukleotida yang disintesis boleh diperoleh dari makmal sintesis DNA / RNA mengikut pilihan. Skala sintesis kecil yang digunakan untuk penjujukan DNA biasanya 50 nmol. Juga yang paling penting primer yang digunakan untuk penjujukan hendaklah disucikan agar bebas dari kekotoran yang akan mencegah penurunan kualiti.
Apakah Persamaan Antara Primer PCR dan Primer Pengurutan?
- Primer PCR dan Sequencing Primer adalah primer yang digunakan dalam proses penguatan urutan DNA yang disasarkan.
- Kedua-dua Primer PCR dan Primer Urutan terdiri daripada nukleotida.
- Kedua-dua Primer PCR dan Primer Sequencing adalah oligomer pendek.
Apakah Perbezaan Antara Primer PCR dan Primer Pengurutan?
Artikel Diff Tengah sebelum Jadual
Primer PCR vs Primer Sequencing |
|
| Primer PCR adalah helai DNA pendek dengan urutan nukleotida panjang 18-25 menjadikannya serasi dengan kawasan permulaan dan akhir serpihan DNA yang akan diperkuat. | Primer urutan adalah oligomer pendek yang digunakan dalam konteks penjujukan fragmen DNA dengan tujuan untuk mengungkapkan identiti spesifiknya. |
| Fungsi | |
| Primer PCR digunakan untuk penguatan urutan DNA tertentu. | Penyusun urutan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mengungkapkan identiti spesifiknya. |
| Bilangan primer Diperlukan | |
| Dua buku asas; satu primer hadapan dan satu primer terbalik digunakan sebagai primer PCR. | Hanya memerlukan satu primer sebagai primer penjujukan. |
Ringkasan - Primer PCR vs Primer Sequencing
Penyusun urutan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mengungkapkan identiti spesifiknya. Satu primer penjujukan akan mencukupi untuk menjalankan prosesnya. Untuk mendapatkan hasil penjujukan yang baik, primer dan templat berkualiti tinggi adalah penting. Oleh itu, apabila primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita mahu urutan. PCR Primer adalah helai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang serasi dengan kawasan permulaan dan hujung serpihan DNA yang akan diperkuat. Primer PCR boleh menjadi primer hadapan dan primer terbalik. Kandungan Guanine dan Cytosine (GC) dalam primer yang baik mestilah dalam lingkungan 40-60. Suhu penyejukan primer dan suhu lebur adalah aspek penting semasa PCR. Ini adalah perbezaan antara primer PCR dan primer Sequencing.
