Perbezaan utama antara endospora bakteria dan spora kulat adalah organisasi sel bagi dua jenis spora. Endospora bakteria adalah struktur tidak aktif yang terdapat pada bakteria prokariotik. Spora kulat adalah struktur pembiakan yang terdapat pada kulat eukariotik.
Endospora bakteria terdapat di dalam sel bakteria, dan ia adalah struktur tidak aktif yang dapat bertahan dalam keadaan persekitaran yang keras. Akibatnya, endospora ini bercambah apabila keadaan persekitaran yang sesuai dipenuhi. Sebaliknya, spora kulat adalah eksospora yang melepaskan ke bahagian luar untuk sporulasi.
