Perbezaan utama antara cyanobacteria dan alga adalah bahawa cyanobacteria adalah sekumpulan bakteria prokariotik sementara alga adalah organisma seperti tumbuhan eukariotik kecil.
Fotosintesis adalah proses yang sangat penting yang mengubah tenaga cahaya matahari menjadi tenaga kimia karbohidrat. Oleh itu, proses inilah yang membolehkan organisma tertentu membuat makanan mereka sendiri, dan organisma ini dikenali sebagai photoautotrophs. Begitu juga, tumbuhan hijau, alga dan cyanobacteria adalah tiga jenis photoautotrophs. Di antara ketiga jenis ini, cyanobacteria adalah prokariota, iaitu bakteria. Sebaliknya, tumbuhan hijau dan alga adalah organisma eukariotik. Apabila mempertimbangkan cyanobacteria dan alga, mereka adalah organisma mikroskopik, tidak seperti tumbuhan hijau. Walau bagaimanapun, cyanobacteria dan alga berbeza antara satu sama lain terutamanya oleh organisasi selular. Tujuan artikel ini adalah untuk menjelaskan perbezaan antara cyanobacteria dan alga.