Perbezaan utama antara estrogen dan progesteron adalah bahawa estrogen adalah hormon seks wanita utama, yang bertanggungjawab untuk pertumbuhan sistem pembiakan wanita dan ciri seks sekunder sementara progesteron adalah hormon seks wanita lain, yang penting untuk menjaga dan mengekalkan kehamilan.
Wanita mensintesis beberapa hormon seks termasuk Estrogen dan progesteron. Mereka adalah hormon steroid yang melibatkan seks wanita dan ciri-ciri tingkah laku lain. Di antara dua hormon ini, estrogen adalah hormon seks utama wanita sementara progesteron penting semasa kehamilan. Kedua-dua hormon ini sebahagian besarnya dihasilkan oleh ovari, dan pengeluarannya secara semula jadi merosot ketika seorang wanita mencapai menopaus. Tambahan pula, lelaki dan wanita menghasilkan progesteron. Walau bagaimanapun, lelaki tidak dapat menghasilkan hormon estrogen.