Perbezaan utama antara isopentana dan neopentana ialah isopentana mengandungi rantai karbon empat anggota dengan satu kumpulan metil yang melekat pada rantai ini pada atom karbon kedua rantai sedangkan neopentana mengandungi satu pusat karbon yang dilekatkan dengan empat kumpulan metil.
Isopentana dan neopentana adalah isomer struktur antara satu sama lain. Oleh itu, kedua-dua sebatian ini mempunyai formula kimia yang sama; C 5 H 12. Walau bagaimanapun, kerana perbezaan antara isopentana dan neopentana dalam struktur kimianya, mereka mempunyai sifat kimia dan fizikal yang berbeza. Perbezaan lain yang ketara antara isopentana dan neopentana ialah isopentana wujud sebagai cecair tidak berwarna sementara neopentana adalah gas tidak berwarna pada suhu dan tekanan standard.
