Perbezaan utama antara endositosis dan fagositosis adalah bahawa endositosis adalah proses mengambil bahan ke dalam sel dengan membentuk vesikel membran sel sementara fagositosis adalah proses pengambilan bahan pepejal besar ke dalam sel dengan membentuk fagosom.
Endositosis dan fagositosis adalah dua mekanisme pengangkutan yang membawa bahan ke dalam sel. Endositosis terdiri daripada tiga kategori. Antaranya, fagositosis dan pinositosis adalah dua jenis yang paling biasa. Lebih-lebih lagi, fagositosis adalah bentuk endositosis. Semasa kedua mekanisme tersebut, bahan dibawa masuk ke dalam vesikel. Bahan-bahan ini termasuk serpihan sel, enzim, sel mati, patogen, hormon, nutrien, dll. Mekanisme endositosis yang berlawanan adalah eksositosis, yang melibatkan penyingkiran bahan dari sel yang tertutup dalam vesikel.
