Perbezaan utama antara metagenomics dan metatranscriptomics bergantung pada jenis biomolekul yang dikaji di setiap kawasan. Metagenomics mengkaji DNA, urutannya dan perilakunya dalam organisma, sementara metatranscriptomics mengkaji DNA yang ditranskripsikan, terutamanya urutan mRNA dan tingkah lakunya dalam organisma.
Metagenomics dan metatranscriptomics adalah dua bidang yang telah mendapat banyak populariti selama bertahun-tahun berhubung dengan komuniti mikroba. Mereka penting dalam penjagaan kesihatan, industri dan bioteknologi pertanian. Metagenomics dan metatranscriptomics membenarkan kajian organisma individu dalam komuniti dan peranan fungsinya yang bermanfaat atau berbahaya.