Perbezaan utama antara pelengkap dan penggabungan semula adalah bahawa pelengkap adalah kemampuan dua mutan dalam kombinasi untuk memulihkan fenotip normal sementara penggabungan semula adalah pertukaran bahan genetik antara kromosom, yang mengakibatkan perubahan fizikal pada kromosom.
Pelengkap dan penggabungan semula adalah dua konsep yang menghasilkan organisma yang berbeza secara genetik. Pelengkap mengembalikan fenotip normal apabila dua mutan bergabung sementara penggabungan menimbulkan organisma dengan perubahan susunan genetik kerana pertukaran bahan genetik antara organisma.