Perbezaan utama antara centromere dan kromomere adalah bahawa centromere adalah kawasan sempit yang bergabung dengan kromatid saudari bersama-sama dalam kromosom sementara kromomere adalah struktur seperti manik yang disusun secara linear yang terdapat sepanjang kromosom.
Kromosom adalah struktur seperti benang yang terdiri daripada asid nukleik dan protein. Mereka mengandungi maklumat genetik organisma. Terdapat beberapa kawasan yang berbeza dalam kromosom, termasuk kromatid, sentromer, kromomere dan telomere. Sentromer adalah titik penyempitan yang dapat dilihat dalam kromosom. Ia bergabung dengan kromatid kakak dan penting semasa pembahagian sel. Sebaliknya, kromomer adalah kromatin bergelung rapat sepanjang kromosom. Mereka muncul sebagai manik pada tali. Mereka membawa gen semasa pusaka.