Perbezaan utama antara sistem utusan pertama dan kedua adalah bahawa sistem utusan pertama merujuk kepada molekul isyarat ekstraselular sementara sistem utusan kedua merujuk kepada molekul isyarat intraselular.
Sistem utusan pertama dan kedua terdiri daripada pelbagai jenis molekul isyarat. Utusan pertama adalah molekul ekstraselular, selalunya hormon atau neurotransmitter. Sebaliknya, utusan kedua adalah molekul intraselular yang menghantar isyarat dari reseptor membran sel ke sasaran dalam sel. Proses isyarat sel bermula apabila molekul isyarat (ligan) mengikat dengan reseptor sel. Pengikatan ini mengubah domain intraselular reseptor, yang mencetuskan laluan isyarat intraselular.
