Perbezaan utama antara mutasi senyap dan neutral adalah bahawa mutasi senyap adalah jenis mutasi netral tertentu yang tidak mempunyai kesan yang dapat dilihat pada fenotip organisma sementara mutasi neutral adalah perubahan dalam urutan DNA yang tidak bermanfaat atau membahayakan kemampuan organisma untuk terus hidup dan berkembang biak.
Mutasi adalah perubahan yang berlaku dalam urutan nukleotida DNA. Mutasi boleh berlaku kerana faktor persekitaran seperti asap rokok dan cahaya UV atau disebabkan oleh serangan virus, bahan kimia yang kuat, dan lain-lain. Mutasi pada sel-sel kuman masuk ke generasi berikutnya sementara mutasi pada sel-sel bukan kuman (mutasi somatik) tidak lulus ke generasi seterusnya, dan mereka akan mempengaruhi kelangsungan hidup satu organisma. Mutasi senyap tidak menghasilkan perubahan dalam urutan asid amino protein yang dikodkan. Mutasi netral tidak menyebabkan kesan yang dapat dilihat pada fenotip organisma.
