Perbezaan utama antara kodon permulaan dan kodon berhenti adalah bahawa kodon permulaan adalah urutan trinukleotida yang menandakan permulaan urutan yang diterjemahkan menjadi protein manakala kodon berhenti adalah urutan trinukleotida yang menandakan akhir urutan yang diterjemahkan menjadi protein.
Kod genetik gen mengandungi arahan yang diperlukan untuk membuat protein tertentu. Ia mengandungi urutan trinukleotida yang dikenali sebagai kodon. Setiap kodon menentukan asid amino. Asid amino adalah unsur asas protein. Kod genetik setiap gen bermula dengan kodon permulaan dan diakhiri dengan kodon berhenti. Oleh itu, mulakan kodon menandakan laman web di mana terjemahan menjadi protein bermula. Hentikan kodon, sebaliknya, menandakan laman web di mana terjemahan menjadi protein berakhir. Oleh itu, kita dapat mengenal pasti dua kodon ini sebagai dua tanda baca dalam kod genetik. Kedua-duanya adalah urutan trinukleotida tertentu.
